Diagnoza choroby zakłada występowanie nieprawidłowości w śluzówce jelita cienkiego, m.in. spłaszczenie lub całkowity zanik kosmków jelitowych lub/i dodatnie miano przeciwciał, takich jak IgA przeciwko transglutaminazie tkankowej lub/i innych, które wycofują się po ścisłym przestrzeganiu diety bezglutenowej.

U większości chorych (ok. 65%) znaczna poprawa następuje już w pierwszych tygodniach po wycofaniu glutenu z diety. Jednak istnieje grupa pacjentów (7−30%), która nie wykazuje histologicznej ani kliniczej poprawy mimo braku spożywania glutenu. Nadal występują u nich objawy sugerujące utrzymywanie się choroby, pomimo przestrzegania diety bezglutenowej − nawet po 6 miesięcach. Mówi się wtedy o celiakii opornej na leczenie NRCD (Non-Responsive Celiac Disease). Co więcej, tylko 8% pacjentów wykazuje całkowitą regenerację jelita cienkiego. Brak powrotu do normalnego stanu histologicznego jelita jest zdecydowanie powszechniejszy u dorosłych, niż u dzieci dotkniętych tym schorzeniem.

Zakłada się, że podłożem NRDC u 36% pacjentów jest mimo wszystko nieświadomy kontakt ze śladowymi ilościami glutenu. Co jednak z pozostałymi 64%?

Coraz więcej danych wskazuje na to, że nieprawidłowości śluzówki jelita w tej grupie niekoniecznie są zwiazane z zanieczyszczeniami diety glutenem, ale ze spożyciem innych białek, które również mogą powodować reaktywność immunologiczną w celiakii. Może to nastąpić poprzez tzw. reakcje krzyżowe i inne nadwrażliwości pokarmowe, które są bardziej prawdopodobne w tej grupie chorych, ze względu na przerwanie szczelności bariery jelitowej i wynikającą z tego nasiloną prezentację nie do końca strawionych białek układowi przewodu pokarmowego.