Mikrobiota jelitowa może regulować metabolizm gospodarza poprzez:
- wpływ na homeostazę i dojrzewanie układu odpornościowego,
- ochronę przed patogenami,
- regulację funkcji endokrynnych jelit i udział w regu-lacji osi mózgowo-jelitowej,
- modulację procesów pozyskiwania i wydatkowania energii,
- produkcję aktywnych metabolitów.
Powszechność występowania chorób metabolicznych, takich jak: otyłość, cukrzyca typu 2 (ang. Type 2 Diabetes Mellitus, T2DM), choroby sercowo- naczyniowe (ang. Cardio-Vascular Disease, CVD) i niealkoholowe stłuszczenie wątroby (ang. Non-Alcoholic Fatty Liver Disease, NAFLD), staje się poważnym problemem zdrowia publicznego. Mikrobiota jelitowa odgrywa szczególnie istotną rolę w procesie fermentacji niestrawionych składników pokarmu oraz stymulacji produkcji śluzu przez komórki nabłonka jelitowego. Ze względu na swoją złożoność czynnościową często określana jest jako „organ” zaangażowany w procesy enzymatyczne, metaboliczne i immunologiczne. Szczególnie ważna jest jej rola w rozwoju i regulacji układów odpornościowego, nerwowego i dokrewnego. Jednak jej główną funkcją jest pozyskiwanie energii pochodzącej z pokarmu.