Według WHO, powikłań otyłości jest 200. Wśród nich wyróżniamy m.in. zaburzenia gospodarki węglowodanowej, lipidowej, cukrzycę typu 2, nadciśnienie tętnicze, zawały, udary, zespół metaboliczny, kamicę pęcherzyka żółciowego, przepuklinę rozworu przełykowego, bezdech w czasie snu, niektóre nowotwory i inne.
Ostatnio coraz częściej podkreśla się rolę mikrobioty jelitowej w rozwoju chorób cywilizacyjnych, w tym otyłości oraz jej powikłań. Szczególnie istotna, w przeciwdziałaniu chorobie otyłościowej i nie tylko, okazuje się bakteria Akkermansia muciniphila, rozkładająca mucynę jelitową.