Termin mikrobiota odnosi się do ogółu mikroorganizmów występujących w danym siedlisku, a najważniejszą rolę w organizmie człowieka odgrywa mikrobiota jelitowa, ponieważ przewód pokarmowy stanowi największą powierzchnię, za pomocą której człowiek może kontaktować się z otoczeniem. Do podstawowych funkcji mikrobioty jelitowej zaliczamy: utrzymanie integralności ściany jelita, syntezę kluczowych witamin oraz ochronę przed patogennymi bakteriami i wirusami. Poza tym mikrobiota uczestniczy w metabolizmie składników odżywczych oraz przekształca węglowodany spożyte w diecie w krótkołańcuchowe kwasy tłuszczowe (SCFAs – short chain fatty acids)¹⁴, których stężenie i proporcje mogą być wykładnikiem funkcji mikrobioty jelitowej²² i odgrywa kluczową rolę w immunomodulacji³. Zaburzenie równowagi mikrobioty nazywane jest dysbiozą i może być skutkiem niewłaściwej diety, stosowania leków i innych czynników²⁰.